El puente del jardín del Parterre, que une los jardines del Parterre y de la Isla, es una construcción de gran anchura en piedra caliza. Su rampa permite el paso de carruajes reales, y está construido en piedra caliza. Tiene dos ojos y cobija las compuertas de la Ría. Su construcción fue completada por Bachelieu tras la muerte de Marchand en 1733.

La fuente de la Boticaria, con un vaso bajo circular de piedra de Colmenar y dos figuras de niños que sostienen una jeringa con conchas y surtidor sobre rocas artificiales, preside una gran glorieta.

En el siglo anterior a su remodelación por Carlos III, en este lugar se encontraba un importante conjunto de pabellones de madera construidos sobre la cascada grande del Tajo y la Ría. En estos pabellones se encontraban las esculturas de Adán y Eva, que datan del siglo XVI. Los pabellones estaban rodeados por unos paseos elevados que daban a una plaza a nivel, que posteriormente se convirtió en el parterre de los Cuadrillos.

En 1746, estos pabellones fueron destruidos y se levantó un dique alto sobre el Tajo. En el lugar de los pabellones se plantó el actual salón de plátanos.

La fuente de Hércules, de traza octogonal y con seis surtidores, tiene una magnífica basa de mármol adornada con volutas, obra de Bartolomé Zumbigo, y otra taza sobre la que se encuentra el Hércules luchando
contra la hidra de Lerna, que echa agua por cada una de sus siete bocas, con otro pedestal más sencillo.

Su autor fue Martina Regio y fue colocada en la reforma de José de Villarreal en 1661 en el lugar de la de Diana, cuyo estanque de forma octogonal debió reaprovecharse. La obra original tenía hasta veinte esculturas, repartidas entre los puentes y el pilón.

La fuente de Apolo, elemento que permite el cambio de dirección para entroncar con el gran eje del Jardín de la Isla, tiene forma octogonal como la anterior, el estanque se encuentra prácticamente a ras del suelo; el pilón, de la misma forma y de mármol de Carrara, contiene en las esquinas magníficas piezas labradas de garras con cabezas que soportaban, hoy perdidas, ocho figuras de niños con delfines, y se remata con una basa de mármol con volutas que sostienen otra taza sobre la que se encuentra la bella figura en mármol de Apolo, atribuida al escultor napolitano de comienzos del Seiscientos Miguel Ángel Naccherino.

En esta plaza se localizan una serie de bancos de piedra de Colmenar de diferente tamaño, diseño de Sabatini en el siglo XVIII.

La fuente del Reloj, denominada también del Anillo y de las Horas, es una obra renacentista que fue reformada en el siglo XIX. Cuenta con un estanque circular a nivel de suelo de tipo hispanomusulmán y con basa de forma abalaustrada. Se encuentra donde se localizaba la fuente de Ganimedes.

La fuente de las Arpías, en el centro de la plaza homónima, es un encargo de Felipe III. Se trata de una pieza interesante, conformada por un pilón cuadrado elevado de piedra de Colmenar de sencillo trazado. En sus esquinas, soporta cuatro columnas con sus capiteles y otras tantas figuras de arpías que vierten agua hacia el centro del conjunto, donde se encuentra un espinario sobre una taza con basa abalaustrada. La escultura fue copiada del vaciado traído de Italia por Velázquez y colocada en la década de 1660.

La plaza, que originariamente estaba solada de ladrillo y azulejo, fue reforzada en las esquinas con nichos de madera erigidos en 1594. En 1782, estos nichos fueron sustituidos por los diseñados por Sabatini, formados por cuatro columnas de mármol con cuarto de esfera y frontón, y figuras de amorcillos de plomo. En 1867, una de las figuras de amorcillos se arruinó y fue sustituida por un casquete de hierro. Además, Juan de Villanueva realizó un proyecto no ejecutado para estas exedras en 1789. Los bancos de piedra de la plaza también son obra de Sabatini.

En uno de los cruces laterales de la plaza, se alza una elegante pajarera circular de hierro fundido. Sus finos pilares, guardamalleta y cubierta de zinc le confieren un estilo ecléctico, representativo del cambio del siglo XIX al XX.

En su interior, un numeroso grupo de pájaros diamantes o diamantes mandarín, Taeniopygia guttata, revolotean alegremente. Estos pequeños pájaros, de colores vivos y llamativos, son originarios de Australia y Nueva Guinea.

La fuente de Venus, también conocida como fuente de Don Juan de Austria -denominada así por la creencia de que la piedra de la taza mayor había sido traída por dicho personaje del golfo de Lepanto- es una fuente del tipo cáliz compuesta por un pedestal octogonal con balaustre que sostenía cuatro muchachos con pájaros, hoy desaparecidos. En la parte superior, se encuentra una taza de gran tamaño con otro balaustre y una taza con la figura de Venus en bronce, cuyos surtidores se alojan en sus cabellos. La fuente fue enviada por don García de Toledo desde Florencia en 1571. Aunque su estilo es de factura más tosca, recuerda a la obra de Juan de Bolonia.

En el lado norte del trazado ortogonal de la Isla, se colocó una platabanda corrida para flores y, hacia el oeste, una estufa o invernadero, denominada la "casa de las flores". Las actuales estufas de ladrillo se introdujeron a comienzos del siglo XX con el establecimiento de la estación de horticultura y escuela de jardinería en la Isla.

La fuente original de Diana se encontraba en la ubicación actual de la fuente de Hércules. Era la principal del Jardín la Isla, ya que marcaba el acceso desde el palacio. Además, era la pieza de mayor carácter manierista de todo el conjunto de Felipe II. Realizada entre 1570 y 1574 por Jerónimo Carruba, su planta ochavada anticipaba la posterior de Hércules.

La fuente actual, en mármol blanco sobre basamento irregular en sillería de caliza, fue trasladada aquí desde el jardín del Príncipe.

La fuente de Baco se encuentra en una plazoleta hexagonal con bancos de piedra, que produce el cambio de eje del jardín de la Isla, al no poder prolongarse más por la presencia del cauce del río Tajo.

En el centro de la plazoleta, un estanque circular de jaspe sostiene la figura de Baco, dios del vino. La figura, obra del escultor flamenco Jonghellinck, fue un regalo del Gran Duque de Florencia a Felipe III.

La fuente de Neptuno es una obra del siglo XVII que consta de un pilón hexagonal, una taza, un pedestal cilíndrico y una escultura de bronce de Neptuno. En su origen, la fuente estaba rodeada de seis peanas, en las que se colocaban otras tantas figuras de bronce que representaban los cuatro elementos: agua, fuego, viento y tierra.

Las siete figuras fueron encargadas por Diego Velázquez al escultor Alessandro Algardi en su segundo viaje a Roma. De ellas, siete se colocaron en Aranjuez en 1661 y una se destinó al Buen Retiro. En la actualidad, sólo se conservan tres piezas, incluida la de Neptuno.

La composición del conjunto fue obra de José Villarreal, Maestro Mayor de las Obras Reales, con la ayuda de Bartolomé Zumbigo, el Mozo, y Alonso Carbonell. Sin embargo, su aspecto actual se debe a una reforma de 1751 de Bonavía.

La ventosa es una pieza que forma parte de las obras de fontanería emprendidas por Felipe II, que incluían la antigua canalización de aguas del jardín procedente de la presa de Ontígola. Durante el reinado de Felipe V, se realizaron reformas en el sistema de abastecimiento de agua, que incluyeron la construcción de nuevos respiraderos, como la ventosa, una gran chimenea de ladrillo visto con dibujos geométricos en su base y volumen piramidal. Su función es la de expulsar el aire del sistema de tuberías, evitando problemas en el funcionamiento de la red.

El respiradero de ladrillo es una pieza singular que representa el ingenio hidráulico de la época. Su forma de obelisco le confiere un carácter monumental y decorativo, que contribuye a enriquecer el conjunto del jardín.

El cenador chinesco de Santiago Bonavía, del que sólo queda una plataforma de piedra con escalones, pedestales y barandilla, es un ejemplo de la arquitectura exótica que se popularizó en España durante el siglo XVIII.

Se construyó en 1755, durante el reinado de Fernando VI, y se situaba en el muro de la Ría frente a la plaza de acceso al palacio de Aranjuez. El cenador tenía forma de pagoda y estaba decorado con motivos orientales, como dragones y pagodas.

En el siglo XIX, el cenador fue demolido y sólo se conserva la plataforma de piedra. Sin embargo, su ubicación y su aspecto original pueden reconstruirse gracias a las descripciones que han dejado los viajeros de la época.

La cascada de las Castañuelas forma parte de la regularización de la Ría por Pedro Caro Idrogo y Esteban Marchand, con la construcción del nuevo puente a la Isla en 1732 y la llamada cascada de las Castañuelas o cascada chica, elemento semicircular y perfil sucesivamente escalonado, formado de piedras con forma abultada -castañuelas- que producen un sonido carácterístico; se encuentra situada entre el palacio y el Jardín de la Isla, muy cerca del puente, y fue realizada con proyecto de Caro Idrogo de 1730, que incluía también un bocacaz a la entrada de la Ría; se finalizó la obra en 1753.

La conexión entre el jardín de la Isla y el jardín de la Reina se realiza por este puente escalonado, obra de Esteban Marchand, acabado en 1733 por Bachelieu.